प्राकृतिक स्रोत द्वन्द्व रुपान्तरण अभियानको सुरुवात एउटा परियोजनाका रूपमा भएको थियो। सामुदायिक वन उपभोक्ता महासंघ, नेपालको मातहतमा राष्ट्रिय सिंचाइ जल उपभोक्ता महासंघ, नेपाल तथा मुक्त कमैया समाज नेपालको साझेदारीमा “प्राकृतिक स्रोत द्वन्द्व रुपान्तरण परियोजना” सञ्चालन गरिएको थियो। नेपाल सशस्त्र द्वन्द्वको जटिल परिस्थितिबाट गुज्रिरहेको समयमा, दशकौँसम्म भएका छलफल, संवाद, अन्तरक्रिया, वार्ता तथा व्यवहारिक अभ्यासहरूको अनुभवबाट यस परियोजनाको अवधारणा विकसित भएको हो। परियोजनालाई आर्थिक तथा प्राविधिक सहयोग दि मेकानल फाउन्डेसनले प्रदान गरेको थियो, जुन सहयोग निरन्तर रूपमा आजसम्म कायम रहेको छ।
परियोजनाको प्रारम्भिक चरण द्वन्द्व रुपान्तरण प्रक्रियामा दक्ष जनशक्ति निर्माणमा केन्द्रित थियो। अभ्यासमा आधारित सातवटा मोडुलमा आधारित मोडुलर तालिममार्फत विभिन्न क्षेत्रका सहजकर्ताहरू तयार गरिए, जसले समुदाय स्तरमा देखिएका बहुसरोकारवाला विवाद तथा द्वन्द्वहरूमा कार्य गर्न थाले। यस प्रक्रियाले केवल तत्कालीन विवाद समाधान गर्ने मात्र होइन, द्वन्द्वमा संलग्न पक्षहरूबीच सम्बन्ध पुनःस्थापना गर्दै दीगो शान्ति निर्माणमा समेत महत्वपूर्ण योगदान पुर्यायो। यही कारणले देशका विभिन्न भागबाट द्वन्द्व रुपान्तरण प्रक्रियाका लागि निरन्तर अनुरोधहरू प्राप्त हुन थाले।
सामुदायिक वन उपभोक्ता महासंघ, नेपाल र प्राकृतिक स्रोत द्वन्द्व रुपान्तरण परियोजनाबीच सन् २००३ देखि २०१३ सम्म रहेको सहकार्य अवधि समाप्त भएपछि पनि यस प्रक्रियाप्रति राष्ट्रिय स्तरमा उत्साह र विश्वास बढ्दो अवस्थामा थियो। देशभरबाट प्राप्त माग, प्रक्रियाको प्रभावकारिता तथा शान्ति निर्माणमा यसले पुर्याएको योगदानलाई दृष्टिगत गर्दै दि मेकानल फाउन्डेसनले आफ्नो सहयोगलाई निरन्तरता दिने निर्णय गर्यो। त्यसका लागि एउटा स्वतन्त्र संस्थागत संरचनाको आवश्यकता महसुस गरियो, जसको परिणामस्वरूप वि.सं. २०७० साल जेठ २७ गते “दिगो शान्तिका लागि उन्नत सम्बन्ध” भन्ने मूल नाराका साथ प्राकृतिक स्रोत द्वन्द्व रुपान्तरण केन्द्र, नेपालको स्थापना गरिएको हो।