प्राकृतिक श्रोत द्वन्द्व रुपान्तरण अभियान एक परियोजनाको रुपमा सुरुवात भएको थियो । सामुदायिक वन उपभोक्ता महासंघ, नेपालको मातहतमा रहि राष्ट्रिय सिंचाई जल उपभोक्ता महासंघ, नेपाल र मुक्त कमैया समाज नेपालको साझेदारीमा प्राकृतिक श्रोत द्वन्द्व रुपान्तरण परियोजनाको नाममा यो अभियानको सुरुवात भएको थियो । नेपाल द्वन्द्वकालिन अवस्थाबाट गुज्रिरहेको परिस्थितिमा दशकौ लामो छलफल, अन्तक्रिया, वार्ता तथा अभ्यासहरु पश्चात यो परियोजनाको जन्म भएको थियो । परियोजनालाई आर्थिक तथा प्राविधिक सहयोग द मेकनल फाउन्डेशनले गरेको थियो जुन सहयोग आजको दिनसम्म पनि निरन्तर रुपमा चलिरहेको छ ।
परियोजनाको पहिलो चरण द्वन्द्व रुपान्तरण प्रक्रियामा कार्य गर्नको लागि अभ्यासमा आधारित सात मोडुलर तालिम मार्फत जनशक्ति उत्पादन गर्ने काममा केन्द्रित भएको थियो । यसरी उत्पादन भएका जनशक्तिहरुले समुदाय स्तरमा भएका बहुसरोकारवाला विवादहरुमा कार्य गर्न थाले । द्वन्द्व रुपान्तरण प्रक्रियाले आइपर्ने विपतको अन्त्य मात्र नगरि द्वन्द्वमा संलग्न भएका पक्षहरु बीच सम्बन्ध सुधार गर्दै शान्ति निर्माणमा टेवा पुर्याउँदछ । त्यसैले पनि परियोजनाले देशभरबाट द्वन्द्व रुपान्तरण गर्नको लागि धेरै नै अनुरोधहरु प्राप्त गर्दथ्यो ।
सामुदायिक वन उपभोक्ता महासंघ, नेपाल र प्राकृतिक श्रोत द्वन्द्व रुपान्तरण परियोजना बीच भएको एक दशक लामो सम्झौता (२००३—२०१३) सन् २०१३ मा आएर अन्त्य भयो । एकातिर प्राकृतिक श्रोत द्वन्द्व रुपान्तरण प्रक्रियालाई राष्ट्रिय स्तरबाट नै निकै प्रोत्साहन गरिएको थियो भने अर्को तिर सम्झौताको अन्त्य भएको थियो । द्वन्द्व रुपान्तरण प्रक्रियाको लोकप्रियता तथा देशभरबाट द्वन्द्व रुपान्तरण गर्नको लागि आएका अनुरोधहरुलाई मध्यनजर गर्दै द मेकनल फाउन्डेशनले आफ्नो सहयोगलाई निरन्तरता दिने निर्णय गर्यो । त्यसको लागि एउटा संस्थाको आवश्यक्ता अनिवार्य भएको हुनाले प्राकृतिक श्रोत द्वन्द्व रुपान्तरण केन्द्रको नामबाट स्वतन्त्र संगठन मिति २०७० साल जेष्ठ २७ मा “दिगो शान्तिका लागि उन्नत सम्बन्ध” भन्ने मुल नाराको साथ स्थापना गरियो ।