प्राकृतिक श्रोत द्वन्द्व रुपान्तरण केन्द्र नेपालको संरचनालाई रुखसँग तुलना गर्न सकिन्छ । चित्रमा देखिए अनुसार रुखको जराको रुपमा जङ्गल, जमिन, पानी र समुदाय रहेको छ जसबाट प्रष्ट हुन्छ कि संस्थाले विभिन्न जङ्गल, जमिन, पानीमा आधारित बहुसरोकारवाला द्वन्द्व को रुपान्तरणको साथै अन्तर व्यक्तिगत विवाद समाधान गर्ने कार्य गर्दै आइरहेको छ । त्यसैगरी संरचनाको साखाको रुपमा ल्च्ऋत्ऋ(ल् रहेको छ जुन अति नै महत्वपूर्ण अंगको रुपमा सम्पूर्ण संरचनाको व्यवस्थापन गर्ने कार्य गर्दछ । साथसाथै रुखको छाता (छहारी)को रुपमा साधारण सभा पर्दछ जस मार्फत संस्थागत नीति नियमहरु तथा महत्वपर्ण निर्णयहरु हुने गर्दछन् । साधारण सभाबाट नै कार्यकारी समितिका सदस्यहरुको चयन हुने गर्दछ । कार्यकारी समिति भनेको संस्थाको आधिकारिक निकायमा पर्दछ जसको जिम्मेवारी भनेको संस्थाको विधानलाई मध्यनजर गर्दै साधारण सभा मार्फत निर्णय गरी संस्थागत कार्यलाई सजिलो गराउने र नियमित रुपमा बैठकको आयोजना गर्नु रहेको छ ।
संस्थाको अर्को महत्वपूर्ण अंगको रुपमा केन्द्रिय कार्यलय रहेको छ जुन भक्तपुर जिल्लाको कौशलटारमा अवस्थित छ । साथै आवश्यक्ताको आधारमा राष्ट्रिय स्तरमा कार्यक्रमलाई प्रभावकारी बनाउने हेतुले क्षेत्रिय कार्यलयको पनि स्थापना गरिएको छ । केन्द्रिय कार्यलयले माकुरा सरह जिल्ला, क्षेत्र र राष्ट्रिय स्तरमा कार्यक्रमहरुलाई अनुगमन गर्ने कार्य गर्दछ । साथै क्षेत्रिय कार्यलयले जिल्ला स्तरिय क्रियाकलापहरुको कार्यन्वयन तथा अनुगमन गर्ने कार्य गर्दछ । त्यहि अनुरुप जिल्ला स्तरिय कर्मचारीहरुले स्थानीय सरकार तथा विभिन्न सरोकारवाला निकायहरुको समन्वयमा बहुसरोकारवाला द्वन्द्व रुपान्तरण तथा अन्तर व्यक्तिगत विवाद समाधान गर्ने कार्य गर्दछन् ।